Как и в большинстве рпг-игр, в Kingdom Hearts II развитие персонажа происходит путем распределения очков опыта. После победы над врагом герой и его помощники получают опыт, который дает новый уровень, вследствие чего герой становится сильнее и получает новые умения. Как и в первой части, можно выбрать определенную специальность героя после прохождения обучения в начале игры.
Сражения в Kingdom Hearts II происходят в реальном времени - герой атакует после нажатия кнопок геймпада. Меню управления боем, как и в играх серии Final Fantasy (в нижнем левом углу экрана) предлагает и другие варианты ведения боя, такие как использование магии, вызов существ для помощи в бою или выполнение комбо с другими членами группы. Новая особенность - Reaction Command - специальные удары, которые активируются, когда игрок нажимает кнопку треугольника в нужный момент боя. Reaction Command могут использоваться, чтобы победить обычных врагов или избежать повреждений, и иногда необходимы, чтобы закончить бой с боссом. Как правило, вместе с основным героем в группе есть еще два участника, которые также участвуют в сражениях. Хотя они и управляются компьютером, игрок может в некоторой степени настроить их поведение, например, нападение только на цель Соры.
В ответ на критику особенностей Судна Гамми в первой части игры, их сделали более приятными . Старая система была полностью переделана, хоть и сохранила основную цель. Теперь она напоминает поездку на рельсах по тематическому парку Диснея. На мировой карте игрок должен теперь управлять Судном Гамми издалека и подлетать к миру, в котором он желает оказаться. Миры больше не открыты с начала — игрок должен отпереть дороги к ним, проходя новые уровни, где он управляет кораблем от третьего лица и убивает вражеские корабли. После того, как дорога открыта, можно спокойно отправляться в нужный мир, если только он не будет заблокирован снова из-за развития сюжета.
Одна из новых особенностей - характеристика Drive Cauge. У нее две функции: преобразовать в Drive Form или вызвать специального героя. Когда Сора в Drive Form, он объединяется с другими членами группы, чтобы стать сильнее и приобрести новые способности; в некоторых формах Можно использовать два Keyblades (ключ-меч). Во время Drive Form боевые характеристики Соры увеличиваются. Drive Form также дает Соре новые способности, которые могут использоваться за пределами сражения. Сначала он будет объединяться только с одним участником группы, но по мере развития форм, сможет и с двумя. Когда союзники задействованы в Drive Form, они убираются из боя на время действия формы. В отличие от очков ударов и магии, Drive Form их не сохраняет.
Как и в первой части, Сора может вызвать персонаж Диснея для помощи в сражении. Вызванный герой заменит двух членов группы и будет рядом, пока не закончится Drive Cauge. Вместо того, чтобы ограничиваться только одним действием, вызванные персонажи теперь имеют собственное меню и способны к атакующим действиям соло или совместным действиям с Сорой. Они выполняются нажатием кнопки треугольника. Способность вызывать и каждая Drive Form качаются отдельно и в соответствии с различными критериями. Получение более высоких уровней во время Drive Form открывает новые умения.
